Die Faktoren, die zu einem starken Rückgang der Fledermausvorkommen geführt haben, sind vielfältig. Hierzu gehören beispielsweise Lebensraumverluste durch Überbauung, Nutzungsänderungen oder Intensivierungen, Gefährung durch Umweltgifte oder der Verlust von geeigneten Winter- und Sommerquartieren. Darüber hinaus sind es aber auch Wissensdefizite über die Artansprüche und konkreten Habitate, die eine positivere Bestandsentwicklung verhindern.

Insbesondere für die seltene Bechsteinfledermaus stellt eine nicht angepasste Waldbewirtschaftung eine ernstzunehmende Gefährdung dar. Durch unbeabsichtigte Fällungen und Entnahmen von Quartierbäumen kann die Population schwerwiegend geschädigt werden. Maßnahmen zur Quartiersicherung sind hier unerlässlich, es fehlen jedoch ausreichende Kenntisse zur Nutzung der Quartiere und zur saisonalen Dynamik. Auch beim Großen Mausohr ist die Kenntnis über die Verteilung der Jagdgebiete von Bedeutung, da bisher kaum bekannt ist, welche Waldstrukturen bevorzugt bejagt werden. Für alle Arten besteht zudem ein Mangel an geeigneten Überwinterungsquartieren im Bereich des höhlenarmen Schönbuchs.